Ubicato a palazzo Majo, edificio rinascimentale restaurato e inaugurato nel 1997, il Museo espone numerosi reperti rinvenuti nella vicina Selinunte, quali bronzi e ceramiche. tra le opere di maggiore pregio, un bel cratere a figure rosse con rappresentazione di Sileni; l'Efebo in bronzo raffigurante un "Kouros" di autore ignoto risalente al 480-470 a.C., la lamina plumbea chiamata "lex sacra" recante norme e prescrizioni sui riti sacri. Al Museo è esposta, infine, una Madonna con Bambino in alabastro della bottega di Francesco Laurana (1468).