Il 30 maggio 1822 fu posta la prima pietra del progetto di Patturelli e Bianchi, ma nel 1837 la direzione dei lavori passò all’architetto Pietro Valente, che rimaneggiò il disegno precedente e riprogettò la zona absidale. L’intervento di Valente contribuì notevolmente ad accentuare il carattere unitario e neoclassico dell’edificio, che fu inaugurato nel 1842 alla presenza del Re Ferdinando II e della consorte Maria Teresa, intitolato a San Michele Arcangelo. Durante la Seconda Guerra Mondiale la Chiesa fu bombardata, riportando notevoli danni alle strutture e alle pitture, in gran parte ripristinate dallo scenografo del Teatro di San Carlo, Luigi Taglialatela. Nel 1999 viene realizzato il portone in bronzo dell'ingresso principale, opera dello scultore Battista Marello. Nel 2014, su disegno degli architetti Francesco Venezia e Paolo Di Caterina, sono stati restaurati gli ambienti sotterranei delle cripte e del giardino posteriore. La facciata principale è caratterizzata da un'ampia scalinata in pietra di Bellona e si articola in due ordini. Le due nicchie presenti nella parte alta della facciata ospitano le statue in gesso di San Michele Arcangelo e San Sebastiano. I tre portali di ingresso conducono a una struttura a tre navate scandite da colonne. La copertura della navata principale è costituita da cassettoni decorati in stucco. Le navate laterali ospitano una serie di altari, mentre la zona dell'abside è affrescata con la tavola dei dodici Apostoli e alcuni episodi biblici.